Ίχνη ανθρώπινης παρουσίας εντοπίζονται στο νησί από την τέταρτη π.Χ. χιλιετία. Παλαιότεροι κάτοικοί της θεωρούνται οι Πελασγοί. Ακολούθησαν οι Κάρες και οι Λέλεγες. Πρώτος βασιλιάς της Σάμου ήταν ο Αγκαίος, ένας από τους ήρωες της αργοναυτικής εκστρατείας, που έχτισε τον αρχικό ξύλινο ναό της θεάς Ήρας, προστάτισσας του νησιού, κοντά στις εκβολές του Ίμβρασσου ποταμού, όπου κατά τη μυθολογία γεννήθηκε η θεά. Γύρω στον 11ο π.Χ. αιώνα εγκαταστάθηκαν οι Ίωνες με αρχηγούς τον Τεμβρίωνα και τον Προκλή που κυριάρχησαν στο νησί. Αυτοί χώρισαν τη Σάμο σε δυο μέρη, την Αστυπάλαια και την Χησία και έχτισαν την πόλη της Σάμου στο μέρος όπου σήμερα βρίσκεται το Πυθαγόρειο.

Κατά τους ελληνιστικούς χρόνους ανήκε στη ζώνη επιρροής των Πτολεμαίων για μεγάλα χρονικά διαστήματα και το λιμάνι της χρησιμοποιήθηκε ως ναύσταθμος του στόλου Αιγυπτίων και Ροδίων. Αργότερα, όπως όλος ο ελληνικός κόσμος γνωρίζει και η Σάμος τη ρωμαϊκή κατάκτηση και γίνεται, με την οριστική διάλυση της πόλης – κράτους και των ελληνιστικών κρατών, ένα μικρό νησί στην αχανή αυτοκρατορία, εξαίρετο θέρετρο για ρωμαίους αξιωματούχους. Τη Σάμο διαλέγουν ως χώρο αναψυχής τους ο Αντώνιος και η Κλεοπάτρα. Ιδιωτικά σπίτια και λαμπρές επαύλεις εκπληκτικής ομορφιάς κοσμούν την πόλη, σημάδι πως δεν έλειψαν ποτέ από το νησί οι τεχνίτες και η αγάπη για την ομορφιά.

Κατά τη βυζαντινή περίοδο η Σάμος αποτελεί την 29η επαρχία των νήσων. Επί Κων/νου του Πορφυρογέννητου έγινε η μητρόπολη του θέματος Σάμου. Ύστερα από την άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους σταυροφόρους το 1204 ανήκε στην άμεση κυριαρχία του Λατινικού θρόνου της Κων/πολης και ακολούθησε την τύχη του.

Η επανάσταση άρχισε στη Σάμο στις 18 Απριλίου 1821. και σε πανηγυρική τελετή, επίσημα, στις 8 Μαΐου 1821 στο Καρλόβασι. Τον ίδιο μήνα ο Λυκούργος εκπόνησε και έθεσε σε εφαρμογή τοπικό πολίτευμα, το Στρατοπολιτικό Διοργανισμό της Νήσου Σάμου, ώστε να κυριαρχήσει η ευταξία και η ευνομία στο νησί. Σύμφωνα με το τοπικό αυτό σύνταγμα, καθιερώνονταν στο νησί δυο συστήματα διοίκησης: το πολιτικό και το στρατιωτικό. Μέλη του πολιτικού ήταν ο Γενικός Διοικητής, οι τρεις Πολιτικοί Κριτές εκλεγόμενοι όλοι από τη Γενική Συνέλευση, ο Γραμματεύς του Διοικητηρίου, οι έφοροι των χωριών, ο Αστυνόμος οι Λιμενάρχες και οι Τελώνες. Το στρατιωτικό σύστημα είχε ανώτατο αρχηγό τον Γενικό Διοικητή και ανώτερους στρατιωτικούς αρχηγούς τους χιλιάρχους.

Η ηγεμονία ήταν δημιούργημα της πολιτικής των μεγάλων Δυνάμεων Γαλλίας, Αγγλίας και Ρωσίας στο χώρο της οθωμανικής αυτοκρατορίας. Η Σάμος έγινε αυτόνομο κρατίδιο υποτελές στο σουλτάνο. Ο ηγεμόνας της ήταν χριστιανός, ανώτερος αξιωματούχος της Υψηλής Πύλης, διοριζόταν από τον σουλτάνο και έφερε τον τίτλο του πρίγκιπα.

Σήμερα η Σάμος διαθέτει ένα πολύ πλούσιο πλέγμα τουριστικών εγκαταστάσεων και υπηρεσιών προς τους ξένους επισκέπτες, οι οποίες συντελούν σε μια διαφορετικής μορφής οικονομική ανάπτυξη. Εκτός από τις φυσικές ομορφιές της, τις όμορφες παραλίες της και την πλούσια βλάστηση των βουνών της ο επισκέπτης μπορεί να περιηγηθεί στους αρχαιολογικούς χώρους στο Ηραίον και στο Ευπαλίνειο όρυγμα, στα μουσεία της στο αρχαιολογικό και Βυζαντινό στη Σάμο, τη Βιβλιοθήκη και το Ιστορικό Αρχείο, στο Παλαιοντολογικό Μουσείο με τα εντυπωσιακά ευρήματα στους Μυτιληνούς.

Τα συσσωρευμένα δεινά του πολέμου υποχρέωσαν πολλούς από τους κατοίκους να αναζητήσουν καλύτερη τύχη μετά τον πόλεμο στις μεγάλες πόλεις και στο εξωτερικό, ιδιαίτερα στην Αυστραλία και την Αμερική, όπου είχαν σχηματισθεί πολυάριθμες ελληνικές κοινότητες. Πράγματι στα χρόνια που ακολούθησαν τον εμφύλιο η μετανάστευση ήταν το κύριο χαρακτηριστικό της σαμιακής κοινωνίας.

Κατά τον δεύτερο παγκόσμιο πόλεμο η Σάμος κατακτήθηκε από τους Ιταλούς του Μουσολίνι. Το Μάιο του 1941 η μεραρχία CUNEO αποβιβάστηκε και κατέλαβε το νησί χωρίς να συναντήσει αντίσταση. Ακολούθησε ένας φρικτός χειμώνας, ο χειμώνας της πείνας και της ανέχειας που έπληξε ολόκληρη την Ελλάδα. Ο πληθυσμός δεν μπόρεσε εγκαίρως να προετοιμασθεί με εναλλακτικές καλλιέργειες, ενώ οι κατακτητές άρπαξαν στην ουσία το μεγαλύτερο μέρος των προϊόντων που είχαν παραχθεί, το δε εμπόριο είχε εντελώς αδρανοποιηθεί.

Η ένωση άλλαξε το πολιτικο-διοικητικό σύστημα. Η Σάμος ήταν πια ελεύθερη ελληνική επαρχία. Η ζωή βέβαια άλλαξε. Οι συχνές επαφές με τη Μικρά Ασία, όπου υπήρχαν συμπαγείς ελληνικοί πληθυσμοί υπό το οθωμανικό καθεστώς, μειώθηκαν και διακόπηκαν εντελώς το 1922. Κατά τη διάρκεια του πρώτου παγκοσμίου πολέμου η Ελλάδα ανήκε στη δυτική συμμαχία της Αντάντ.

Την τελευταία δωδεκαετία της Ηγεμονίας, κυριαρχεί στη Σάμο η προσωπικότητα του Θεμιστοκλή Σοφούλη, ο οποίος σπούδασε αρχαιολογία, έκαμε τις πρώτες ουσιαστικά επιστημονικές ανασκαφές στο Ηραίον, αλλά εξελίχθηκε σε πολιτικό ηγέτη και στον πρωτεργάτη της σαμιακής επανάστασης του 1912 και της ένωσης με την Ελλάδα. Τον Σεπτέμβριο του 1912 υπό την ηγεσία του Θεμιστοκλή Σοφούλη η Σάμος επαναστάτησε και στις 11 Νοεμβρίου 1912 η σαμιακή εθνοσυνέλευση κήρυξε την ένωση «μετά του ελευθέρου ελληνικού βασιλείου».