Κατά τη βυζαντινή περίοδο η Σάμος αποτελεί την 29η επαρχία των νήσων. Επί Κων/νου του Πορφυρογέννητου έγινε η μητρόπολη του θέματος Σάμου. Ύστερα από την άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους σταυροφόρους το 1204 ανήκε στην άμεση κυριαρχία του Λατινικού θρόνου της Κων/πολης και ακολούθησε την τύχη του.