Η ηγεμονία ήταν δημιούργημα της πολιτικής των μεγάλων Δυνάμεων Γαλλίας, Αγγλίας και Ρωσίας στο χώρο της οθωμανικής αυτοκρατορίας. Η Σάμος έγινε αυτόνομο κρατίδιο υποτελές στο σουλτάνο. Ο ηγεμόνας της ήταν χριστιανός, ανώτερος αξιωματούχος της Υψηλής Πύλης, διοριζόταν από τον σουλτάνο και έφερε τον τίτλο του πρίγκιπα.