Την τελευταία δωδεκαετία της Ηγεμονίας, κυριαρχεί στη Σάμο η προσωπικότητα του Θεμιστοκλή Σοφούλη, ο οποίος σπούδασε αρχαιολογία, έκαμε τις πρώτες ουσιαστικά επιστημονικές ανασκαφές στο Ηραίον, αλλά εξελίχθηκε σε πολιτικό ηγέτη και στον πρωτεργάτη της σαμιακής επανάστασης του 1912 και της ένωσης με την Ελλάδα. Τον Σεπτέμβριο του 1912 υπό την ηγεσία του Θεμιστοκλή Σοφούλη η Σάμος επαναστάτησε και στις 11 Νοεμβρίου 1912 η σαμιακή εθνοσυνέλευση κήρυξε την ένωση «μετά του ελευθέρου ελληνικού βασιλείου».