Η ηγεμονία ήταν δημιούργημα της πολιτικής των μεγάλων Δυνάμεων Γαλλίας, Αγγλίας και Ρωσίας στο χώρο της οθωμανικής αυτοκρατορίας. Η Σάμος έγινε αυτόνομο κρατίδιο υποτελές στο σουλτάνο. Ο ηγεμόνας της ήταν χριστιανός, ανώτερος αξιωματούχος της Υψηλής Πύλης, διοριζόταν από τον σουλτάνο και έφερε τον τίτλο του πρίγκιπα.

Η επανάσταση άρχισε στη Σάμο στις 18 Απριλίου 1821. και σε πανηγυρική τελετή, επίσημα, στις 8 Μαΐου 1821 στο Καρλόβασι. Τον ίδιο μήνα ο Λυκούργος εκπόνησε και έθεσε σε εφαρμογή τοπικό πολίτευμα, το Στρατοπολιτικό Διοργανισμό της Νήσου Σάμου, ώστε να κυριαρχήσει η ευταξία και η ευνομία στο νησί. Σύμφωνα με το τοπικό αυτό σύνταγμα, καθιερώνονταν στο νησί δυο συστήματα διοίκησης: το πολιτικό και το στρατιωτικό. Μέλη του πολιτικού ήταν ο Γενικός Διοικητής, οι τρεις Πολιτικοί Κριτές εκλεγόμενοι όλοι από τη Γενική Συνέλευση, ο Γραμματεύς του Διοικητηρίου, οι έφοροι των χωριών, ο Αστυνόμος οι Λιμενάρχες και οι Τελώνες. Το στρατιωτικό σύστημα είχε ανώτατο αρχηγό τον Γενικό Διοικητή και ανώτερους στρατιωτικούς αρχηγούς τους χιλιάρχους.